文件明確，被督察省（市）、集團公司不得為應付督察而不分青紅皂白的采取緊急停工停業停產等簡單粗暴行為，以及“一律關停”“先停再說”等敷衍應對做法。對于相關生態環境問題的整改，要堅持依法依規，注重統籌推進，建立長效機制，按照問題的輕重緩急和解決的難易程度，能馬上解決的，要馬上解決；一時解決不了的，要明確整改的目標、措施、時限和責任單位，督促各責任主體抓好落實。要給直接負責查處整改工作的單位和人員留足時間，禁止層層加碼、避免級級提速，特別是對涉及民生的產業或領域，更應當妥善處理、分類施策、有序推進，堅決禁止“一刀切”行為。對于采取“一刀切”方式消極應對督察的，督察組將嚴肅處理，發現一起、查處一起、通報一起。
文件要求，被督察省（市）、集團公司應依規依紀依法做好問責工作。在邊督邊改過程中，對發現的失職失責人員，既要嚴格按照“嚴肅、精準、有效”的原則做好問責工作，實事求是，通過必要的問責切實傳導壓力、落實責任，建立長效機制。同時，也要嚴格貫徹落實中央有關文件精神，禁止以問責代替整改，以及亂問責、濫問責、簡單化問責等行為。
對在生態環境保護工作中勇于探索、敢于創新，擔當盡責且成效明顯，但因客觀原因沒有達到預期目標的，對自我加壓、嚴格工作目標要求且正確履行職責，但因歷史原因或難以預見因素，導致未完成工作任務或未達到預期效果的，應當實行容錯機制，鼓勵有關干部擔當作為。
文件強調，中央生態環境保護督察是督察組與被督察省（市）、集團公司共同承擔的一項重要政治任務，需要雙方以高度的政治責任感共同努力、協同推進。在安排督察接待和督察保障等工作時，能從簡的一律從簡，能簡化的一律簡化，不搞迎來送往，不搞層層陪同，切實減輕基層負擔。同時，被督察省（市）、集團公司還應督促所轄地市、有關部門和單位如實反映問題，提供真實情況，推進整改落實，加強信息公開，共同營造良好的督察氛圍。
